Через пять лет после написания своего трактата «О сновидениях» Синесий принял предложение александрийского патриарха Феофила и стал епископом Птолемаиды. По-видимому, примерно в это же время он принял крещение, хотя принято считать, что данное событие произошло достаточно поздно, учитывая тот факт, что к тому моменту он уже был церковным епископом.
Получение Синесием сана епископа имело скорее политический, а не духовный подтекст. Здесь во многом сказалось влияние его жены, которую он очень любил; по всей видимости, она была христианкой, поскольку Феофил присутствовал на их свадьбе в 403 году. Привлечение философа-аристократа к церкви означало победу патриарха; хотя христианство уже получило статус официальной религии империи, многие знатные семьи все еще держались от нее на почтительном расстоянии. Для Синесия принятие сана епископа ко многому его обязывало, но этот шаг соответствовал историческому моменту. В 399 году был разрушен огромный храмовый комплекс Серапеум в Александрии, и теперь могущество Римской империи было направлено на уничтожение языческих верований. Новый бог быстро вытеснил своих предшественников.
На языке теологии Синесий стал христианином через присоединение, а не через преобразующий опыт истинного обращения. Однако мы можем обнаружить вероятную близость его философии к основным положениям христианства. Он верил в единого Бога, стоящего за многочисленными проявлениями божественной сущности. Он писал о «падении» души, отказавшейся от знания и истины. Он верил в то, что во времена невежества может появиться спасительная сила, чтобы избавить человечество от обманщиков и плутов. Его роман «О Провидении» изображает мир, находящийся под властью темных сил, чья цель состоит в том, чтобы ослабить людей и не позволить им обрести истину. За внешними историческими событиями скрыта борьба между высшими устремлениями человечества и невежеством, окружающим каждого человека. Сила света в мире угасает в конце продолжительных исторических циклов и нуждается в периодическом восстановлении. Но иногда, когда люди попадают в тяжелое положение, может произойти божественное вмешательство до конца очередного цикла, чтобы предотвратить его преждевременное завершение.
Если бы Синесий прожил достаточно долго, чтобы узнать о том, как закончилась жизнь его наставницы Гипатии, он бы убедился, что невежество начинало приобретать все большее влияние. Хотя среди учеников Гипатии было немало христиан, фанатик Кирилл, ставший александрийским епископом в 412 году, считал ее сторонницей язычества. Его обвинительные речи взволновали толпу, которая под предводительством церковного чтеца однажды вечером вытащила Гипатию из ее кареты. Находясь под влиянием коллективного помешательства, эти люди затащили женщину в церковь под названием Кесария, сорвали с нее одежду и заживо содрали с нее кожу. Затем они расчленили ее тело и дотла сожгли все останки.
В таком мире Синесий предлагал средства для обретения связи с высшими духовными сферами и привнесения этого опыта в повседневную жизнь. Он учил, что воображение является «бескрайней вселенной», где душа чувствует себя как дома. Воображение «находится посередине между духом и материей и делает возможным установление контакта между ними». Душа путешествует в этом мире во время сновидений.
Для епископа Синесия сновидения играли роль ежедневной исповеди. Они также служили способом проникновения в реальный мир. Согласно Синесию, сновидец не возвращается к действительности после пробуждения; в настоящей реальности он пребывает во время сна.