Но самые жестокие формы приобретала церковная борьба не с иноверцами – католиками, а с собственным расколом – старообрядчеством. В ход шли разные методы. От церковных „увещеваний”, которые по самой природе дела не могли дать реальных результатов, до каторжных работ или ссылки в православные монастыри монастырские тюрьмы. Срок – „доколе не раскается”. Трудно представить что-нибудь хуже каторги, но для старовера монастырская тюрьма была хуже – на каторге не было непрерывного грубого давления на совесть, психику. В монастыре же ко всем ужасам каторги добавлялось постоянное введение во грех, все глубже охватывало отчаяние душу человека, верующего и насильственно притаскиваемого в никонианскую „дьявольскую” церковь.
В борьбе с расколом церковные методы непременно сочетались с административными, причем действия гражданских и военных властей преобладали. Расселившиеся по окраинам страны староверы организовали собственные монастыри – скиты в старообрядчестве все монастыри называются скитами. „Миссионерство” по отношению к людям, считавшим должным креститься двумя, а не тремя перстами, велось и таким способом: „биты кнутом и вынуты ноздри и посланы в каторжную работу”. Это гвардии капитан Ю. Ржевский докладывает Петру I о борьбе с расколом в Заволжье. Метод осуществлялся военной властью, но целиком лежит на совести духовенства, вызвавшего его к жизни. Монастырские методы совпадали с правительственными. Нижегородский епископ Питирим, назначенный на епархию Петром I с целью искоренения раскола, доносит царю: „Монахинь в лесу это в скитах за Волгой тысячи четыре будет: надлежит их всех взять в монастырь, а пища им хлеб да вода, а которые обратятся, тем подобающая пища; немногие останутся из них без обращения”.
В 1840 – е годы начинается полоса административного и церковного наступления на старообрядческие монастыри. Например, в Самарской губернии скиты ликвидируются, монашествующие старообрядцы сгоняются в три новых монастыря: Николаевский, Средне – Никольский и Николаевский Спасо – Преображенский. Все – „единоверческие”. Обращает внимание и то, что все три посвящены св. Николаю в годы правления Николая I, что кроме очевидного монархического смысла имело и двоякий религиозный смысл. Во – первых, св. Николай одинаково почитался и государственной церковью и старообрядческой. Во – вторых, церковная легенда гласит, что св. Николай, епископ из города Мир в Ликии, участник церковного собора, осудившего ересь ариан.
Николай на соборе „ударил в ланиту еретика Ария – прямое напоминание „единоверцам” не разделять прежних заблуждений, за которые расплачиваются ланитами… Впрочем, как расплачиваются, старообрядцам, насильно переведенным в „единоверие”, было знакомо.
Со второй половины 1850-х годов Синод основывает несколько специальных монастырей. Их задачи определяются без каких – либо обиняков: „в видах противодействия расколу”. С этой формулировкой в 1867 году создан Оренбургский Богодуховский монастырь. В районе старообрядческих сел Московской губернии Спасо – Преображенский монастырь основан по тексту указа Александра II: „для искоренения раскола”. В Симбирской губернии „для ослабления раскола” создан Старо – Костычевский монастырь. Обители для „искоренения” создавали повсюду, где был силен раскол.