В одном из своих последних записанных сновидений, Лукреция видела себя в образе роженицы в одном страшном, неприглядном месте. Этот сон оказался точным предсказанием будущих событий. Когда король приказал ее арестовать, незамужняя провидица, которой исполнился уже двадцать один год, была беременна. Одновременно с ней арестовали дона Алонсо, брата Лукаса и Диего де Витореса. Инквизиция обнаружила тридцать тетрадей с записями снов Лукреции в шкафу дома дона Алонсо в Толедо.
Всех арестантов доставили в Толедо, где была штаб-квартира святой палаты. В течение первых месяцев с ними обращались скорее как с гостями на постоялом дворе, а не как с заключенными. Камера дона Алонсо напоминала таверну из-за постоянных вечеринок, на которых вино лилось рекой. Это было следствием могущества клана Мсндоза, а также личной дружбы дона Алонсо с главным инквизитором. Здесь мы должны подчеркнуть, что инициаторами ареста выступили король и королевский исповедник Чавес, а не инквизиция. Пророчества Лукреции представляли собой прямую угрозу для короля, а не для церкви.
Получая от Диего тайные любовные послания с обилием цитат из Петрарки, Лукреция в то же время открыто флиртовала с очаровательным инквизитором по имени Лопе де Мендоза. Этот Мендоза сказал ей: «Ты так прекрасна, что даже мертвец поднялся бы из могилы, чтобы зачать с тобой ребенка». Он тайно встречался с ней в комнатах начальника тюрьмы и даже возил ее к себе домой. Однако их флирту стал мешать увеличивающийся живот Лукреции. Несколько месяцев спустя после своего ареста она родила девочку. Если и это не является достаточным доказательством того, что она не имела ничего общего с «духовными матерями», можно обратиться к свидетельству ее сокамерницы, которая утверждала, что Лукреция прекрасно разбиралась в фаллоимитаторах, и рекомендовала ей деревянный фаллоимитатор определенного размера, обшитый мягким бархатом.
Добрые времена в Толедо закончились после того, как среди правительственных служащих была проведена политическая чистка и дружелюбно настроенные к Лукреции чиновники были смещены со своих постов. Новые инквизиторы пытали Лукрецию, пока не сломили ее волю. «Она умоляла их во имя любви к Господу прекратить пытки, ведь если она и видела эти проклятые отвратительные сны и рассказывала об их содержании дону Алонсо де Мендоза, то он делал их еще отвратительнее, но в этом не было ее вины».
Долгие годы она провела в тюрьме. Об этом периоде не сохранилось никаких записей до того момента, когда в августе 1595 года Лукреция появляется перед нами в роли кающейся грешницы с веревкой на шее. Официальная версия выдвинутого против нее обвинения звучала так: «С юных лет она стала видеть сны и много снов, в которых появлялась Святая Троица с самим Богом, наш Господь Иисус Христос, Моисей, Иезекииль и небесные девы». Она призналась, что путешествовала с тремя святыми лицами в «разные части земли и моря, в разные королевства и провинции», где имела возможность наблюдать «видения о войне и мире, радостных и ужасных событиях и прочих хороших и плохих вещах, которые должны были произойти».
Она была признана виновной в богохульстве, святотатстве, лжи, заключении сделки с дьяволом, сообщении содержания своих сновидений другим людям, а также разрешении вести записи своих снов. Кроме того, она была осуждена как «мать пророков, поощрявшая других людей заглядывать в будущее. Ей вынесли очень мягкий (по тем временам) приговор: сто ударов плетью, ссылка из Мадрида и два года заточения в монастыре. Поскольку было трудно найти подходящий монастырь, она была помещена на время (вероятно, вместе со своей дочерью) в больницу для нищих и прокаженных, одно из худших мест для молодой красивой женщины. Лукреция умоляла перевести ее в другое место и в конце концов ее поместили в больницу Сан Лоренцо. С этого момента она навсегда исчезает из поля зрения историков.
Удалось ли ей бежать? Помогли ли ей скрыться за границей? Возможно, леди Дормер, которая была ее покровительницей и организатором театральных представлений, удалось вывезти Лукрецию в Англию, где вновь созданная военная разведка могла быть крайне заинтересована в ее способностях шпионки-сновидицы? Леди Джейн была ярой сторонницей католицизма, однако общеизвестно, что она поддерживала тайный канал обмена информацией с английской королевой Елизаветой. Вероятно, мы никогда не узнаем об этом, если только не сможем отыскать во сне свой путь к пониманию скрытого смысла событий, как это удавалось сделать Лукреции в моменты ее лучших пророчеств.